Terapie akutního nebo chronického srdečního selhání pomocí mechanické srdeční podpory vyžaduje vždy současné podávání antikoagulačních medikamentů. Důvodem je normální reakce organismu, kdy se krev při kontaktu s cizím povrchem začíná automaticky srážet. Právě přístroje mechanické srdeční podpory jsou v kontaktu s krví pacienta (kovové tělo krevní pumpy přístrojů pro dlouhodobou podporu nebo plastové části přístrojů pro akutní podporu srdce a oběhu). Proto každý pacient musí po celou dobu přijímat kromě chronické medikace i antikoagulační preparáty, bez kterých by nemohla být zaručena bezpečná a bezproblémová funkce přístrojů mechanické srdeční podpory.
Při akutním srdečním selhání (například Akutní Infarkt Myokardu - AIM) a použití krátkodobé podpory, je nejčastější forma antikoagulace trvalá intravenózní aplikace léku Heparin. Potřebné množství podávaného léku je několikrát denně kontrolováno dle krevních testů tak, aby bylo dosaženo bezpečného provozu všech přístrojů (antikoagulaci Heparinem využívají i další léčebné metody - například hemodialýza), ale nedošlo k ohrožení pacienta. Po ukončení terapie je ukončeno i podávání Heparinu. V případě výskytu alergie pacienta na předchozí aplikaci Heparinu je třeba vždy informovat ošetřujícího lékaře.
Přístroje určené pro dlouhodobou srdeční podporu společnosti Thoratec se vyznačují velmi nízkou potřebou dlouhodobé antikoagulace, kterou je třeba po celou dobu provozu čerpadla podávat pacientům. Každý pacient je po operační implantaci krevní pumpy do srdce v hrudní dutině pečlivě sledován a jeho funkce srážení krve je detailně vyšetřena. V časném pooperačním období pacient začne brát tabletový antikoagulační preparát Warfarin, který zabraňuje shlukování krevních destiček a tím vzniku krevní sraženiny - trombu. Warfarin působí tak, že v játrech zablokuje tvorbu specifických faktorů krevní srážlivosti, které jsou závislé na vitamínu K. V těle tak vzniká situace, jako by bylo vitaminu K nedostatek, a tím je způsobeno zpomalení srážení krve.
Při léčbě se užívají tabletky (k dispozici jsou 3 mg - modré a 5 mg - růžové tabletky) tak, aby se dosáhlo cílové hodnoty - tzv. INR (mezinárodní jednotka používaná pro kontrolu při podávání Warfarinu). Cílová hodnota je mezi 1,8 až 2,5. Cílové INR se může u každého pacienta lišit (pro přesné informace kontaktujte svého lékaře). Tabletky začínají účinkovat až po několika hodinách a plný efekt nastoupí až za 3-5 dnů. Po jejich vysazení efekt ještě delší dobu v krvi přetrvává (2 až 5 dnů). Efekt působení Warfarinu je třeba velmi pečlivě sledovat, a proto u každého pacienta s dlouhodobou mechanickou podporou je INR 1x až 2x týdně zkontrolováno u praktického lékaře pacienta. Výsledky INR pak telefonicky zhodnotí lékař z implantačního centra a doporučí dávkování léku pro další období.